L'"Association Noctambus" était à l'origine une commission interparlementaire des Parlements de Jeunes de Meyrin, Vernier et Ville de Genève. Pour des raisons évidentes d'organisation, celle-ci s'est rendue indépendante au début de 1996 et elle est actuellement organisée selon la forme expliquée ci-dessous.
L'"Association Noctambus" est une association à but non lucratif composée d'une Assemblée générale, à laquelle chaque commune bénéficiant du service nocturne est représentée, et d'un Comité, composé de neuf membres issus de l'Assemblée générale chargé de suivre le travail de la Direction. Cette dernière, l'organe exécutif des Noctambus, effectue divers mandats: d'abord venant des communes, qui sont représentées par la Direction auprès des TPG, et ensuite venant des TPG, qui sous-traitent à la Direction notamment la communication et le sponsoring, le travail de prévention sur le terrain, et les services-manifestations.
Les communes garantissent le déficit des Noctambus par un système de répartition financière calculé sur la base de la population de la commune, du nombre de course dont elle bénéficie et d'un forfait.
Depuis le 31 mars 2003, les Noctambus sont devenus un produit connexe des Transports Publics Genevois . Ces derniers sont donc en dernier ressort les responsables du service nocturne. Ils sont notamment en charge de l'exploitation et en garantissent le bon fonctionnement global. Ils effectuent également le lien avec les sociétés privées de transport et fournissent des surfaces publicitaires. Ils renseignent les passagers sur le réseau Noctambus par info mobilité unireso (0900 022 021 – CHF 0,94 / l’appel).
Noctambus N9, N16 et N20